Francisco José Seguí nació en Buenos Aires el 12 de noviembre de 1794. Transcurrida la infancia en el hogar porteño fue enviado a España a proseguir la carrera naval. Egresado Guardiamarina, regresó más tarde a Buenos Aires y pasó a prestar servicios el 7 de febrero de 1814 en la escuadra que formaba Guillermo Brown para abatir el poderío español en el Río de la Plata.

Destacado como jefe de la cañonera "Americana”, se batió en el ataque a Martín García y formó parte de la escuadrilla de Nother en el Combate del Arroyo de la China. Concurrió a la caída de Montevideo y el 23 de junio de 1814 llevó a bordo al General Alvear con su Estado Mayor cuando se dirigió a tomar posesión de la plaza rendida. La participación en esta campaña lo hizo acreedor a la medalla por el Combate de Montevideo.

Su actuación constante en la lucha que Buenos Aires mantenía contra López y Ramírez lo contaron en la acción del 1º de enero de 1820, en la cual la escuadrilla de Hubac bloqueó el puerto de Santa Fe.

Declarada la guerra contra el Imperio del Brasil, le tocó al Subteniente Seguí actuar en el bergantín "Balcarce", de 14 cañones, comandado por el Capitán Bartolomé Ceretti.

Al frente de sus naves, Brown penetró en el río Uruguay el 28 de diciembre de 1826. En esta oportunidad, Seguí era el Comandante del bergantín "Balcarce”. El combate se reanudó con violencia e intrepidez el 9 de enero. Los tres barcos mayores de nuestra escuadra --la "Sarandí", comandada por Brown; la "Maldonado", por Drummond; y el "Balcarce" por Seguí-- acosaron al enemigo sin darle tregua. Como consecuencia de esta acción, el Gobierno lo confirmó en el grado de Capitán el 23 de marzo de 1827, y el 18 de septiembre del mismo año se le confirió el de Sargento Mayor Graduado.

Combatiente en Punta Lara, el 8 de junio de 1828 sufrió heridas a consecuencia de una explosión de pólvora. Alcanzó el grado de Coronel, el 27 de julio de 1829. Colocado a los 33 años en la plana de inactividad del Ejército, hizo súbitas apariciones en algunos cargos de significación tales como el de la Ayudantía del Puerto en 1833 y el de la Plana Mayor del Ejército el 21 de octubre de 1834.

Borrado por Juan Manuel de Rosas del escalafón militar, como otros distinguidos jefes por el decreto del 16 de abril de 1835, su destino quedó sellado y optó por emigrar a la Banda Oriental, donde luchó en favor de la causa unitaria.

En 1850, Seguí volvió al suelo natal a pedido de Brown, y Rosas lo dio de alta con el mismo grado de Coronel, confiándosele el mando de la corbeta "25 de Mayo" para que ejerciera la vigilancia del puerto.

Fue Jefe de la isla Martín García y, más tarde, miembro de la Junta Consultiva Militar. Alcanzó en los tiempos de la organización nacional la Capitanía General del Puerto de Buenos Aires, que desempeñó desde 1855 hasta 1868, y en años posteriores la de San Fernando, Tigre y San Isidro.

Seguí fue incluido en la nómina de los guerreros de la Independencia y falleció en Buenos Aires el 19 de mayo de 1877 a los 83 años de edad. Como homenaje póstumo fue ascendido a Contraalmirante y su tumba en la Recoleta fue declarada sepulcro histórico.

Dos buques de la Armada Argentina llevaron su nombre: aviso (1923) y destructor (1972).