El PRODECCA es una iniciativa del Gobierno de la República Argentina, financiada parcialmente con fondos provenientes del Fondo Internacional de Desarrollo Agrícola (FIDA).

Es ejecutado por el Ministerio de Economía de la Nación (MECON) a cargo de la Secretaría de Planificación del Desarrollo y la Competitividad Federal, y tiene como organismo ejecutor a la Dirección Nacional de Programas y Proyectos Sectoriales y Especiales (DIPROSE).