La Ley Nº 18.398, o Ley General de la Prefectura Naval Argentina, es la norma legal que regula actualmente las funciones y responsabilidades de la Institución. De acuerdo con ella, esta institución es la fuerza de seguridad que ejerce las funciones de:

• policía de seguridad de la navegación,
• policía de seguridad y prevención del orden público,
• policía de protección ambiental y conservación de los recursos naturales,
• policía auxiliar aduanera, migratoria, sanitaria y, parcialmentelajurisdicción administrativa de la navegación.

En otras palabras, para la adecuada realización de las diversas actividades en zonas de agua, como comercio, transporte y recreación, la Prefectura Naval Argentina atiende a tres aspectos que considera fundamentales:

• puertos y vías navegables expeditas y ordenadas en su tráfico;
• el buque, técnicamente apto desde su nacimiento hasta el final de su vida útil, y
• personal navegante idóneo para su operación.