En el ámbito aeronáutico la JST investiga todos los sucesos de aviación civil, ya sean accidentes o incidentes, que ocurran en el territorio de la República Argentina, su espacio aéreo y sus aguas jurisdiccionales y que cause muerte o lesiones graves, daños estructurales a las aeronaves o desaparición o total inaccesibilidad a las mismas. Una vez concluido el proceso de investigación y análisis del suceso, la JST realiza el control de las medidas de seguridad operacional implementadas.